第一特混舰队是在四月十七日，也就是在第五舰队次轰炸了尼华岛之后的第三天离开了阿普拉港。同一天与第一特混舰队出的还有第二特混舰队，第三特混舰队，以及由那三艘修复了的小型航母为核心的战区舰队。战区舰队将不跟随第一特混舰队前往中途岛，而是在关岛附近继续训练，等待登6舰队与运输船队从那霸那边赶过来之后再前往中途岛。
在出之前，谈仁皓收到了最后一封消息，第五舰队没有在十七日上午轰炸尼华岛了，而且前往侦察的远程水上巡逻机也没有现第五舰队。廖汉翔的推断是正确的，从十六日下午的最后一次轰炸之后，第五舰队离开了尼华岛附近海域，消失在了茫茫大海之中。廖汉翔已经电告了在尼华岛东部活动的潜艇，要求尽快找到第五舰队的行踪，可是谈仁皓并不抱多大的希望，潜艇在广泛搜索中的作用是相当有限的，如果斯普鲁恩斯存心要躲起来的话，就会离开帝国海军潜艇活动的主要海域，依靠潜艇的力量是很难找到第五舰队的。
在安排主力舰队的指挥体系时，谈仁皓没有给郝东觉特权，而是让常荐新为主力舰队的临时参谋长，也就是说，如果谈仁皓无法继续指挥第一舰队作战的话，就将由常荐新接替他的指挥工作。这不是谈仁皓觉得郝东觉没有能力指挥第一舰队作战，主要是郝东觉不够稳重。而且，在谈仁皓失去指挥能力的时候，第一舰队的处境肯定相当的危险了，到时候需要的不是郝东觉这种主导进攻的指挥官，而是常荐新这种稳重的，可以率领见队安全的撤出战斗的指挥官，至少，在这方面常荐新还是非常值得信赖地。
三支特混舰队直到下午五点多才全部离开了阿普拉港。第二特混舰队与第三特混舰队很快就追了上来。谈仁皓没有立即让第三特混舰队编入到两支航母特混舰队中来，在航行途中主要需要提防的是潜艇，而不是轰炸机，因此就不能让舰队的编队过于密集，给美军潜艇偷袭的机会。训练工作还得照常进行，两支特混舰队的航空部队都在抓紧一切时间训练，安士乐率领的战斗机就是在天黑了之后才降落到航母上的，这也算得上是一次夜间降落训练吧。一次高风险的训练。
航行途中，三支特混舰队演练了好几种战术，包括将第三特混舰队编入第一特混舰队与第二特混舰队，加强两支航母特混舰队防空能力地训练。另外，还包括了两支航母特混舰队共同打击一个目标，以及分头打击两个目标，甚至是三个目标的模拟作战训练。训练中没有让轰炸机投下炸弹，也没有让轰炸机带弹起飞，主要就是让飞行员熟悉，在遇到不同情况时应
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