如同每一个庞大的帝国都是从内部开始瓦解的一样，教廷这种类似帝国的庞大机构，也是因为内部矛盾，从内部开始崩溃的。
完善的体制，意味着众多的内部矛盾。
别的不说，圣殿骑士团，宗教裁判所，神职人员，这三个群体之间的冲突就异常尖锐。
以圣殿骑士团为例，每当教廷需要一支强大的战斗部队时，该机构就将得到重用。比如在文艺复兴之前，也就是教廷借助血族的内部斗争，迅速崛起，统治世界的时候，圣殿骑士团是教廷最主要的武力机构，得到了极大的重用。在针对盘踞在地中海东部的血族氏族的战争，也就是历史上有名的十字军东征中，圣殿骑士团就是教廷的主力部队，也是整个西方世界武装力量的核心。
可是，只要世界恢复和平，教廷需要稳定的局面扩展影响力的时候，圣殿骑士团必然受到打压。十字军东征之后，圣殿骑士团因为影响力太大，甚至在很多地区取代了教廷本身，结果被教廷解散，数以万计的圣殿骑士遭到了迫害，乃至被秘密处决。直到黑暗联盟迅速发展壮大，控制了大不列颠，威胁到了教廷的生存时，教廷才秘密重建圣殿骑士团，并且赋予其极高的权力。
同样的问题也存在于宗教裁判所。
教廷初步掌握了欧洲的时候，作为教廷的执法机构，宗教裁判所成为了寻找，追击，逮捕，处决分散隐藏在凡间的血族与其他黑暗种族成员的主力，一百多年内，数十万黑暗种族的后裔倒在了宗教裁判所的屠刀之下，或者被活活烧死。
在随后的文艺复兴中，宗教裁判所更是成为了新兴科学势力的死对头，难以计数的科学家被冠上邪恶势力爪牙的帽子，被宗教裁判所绑上了火刑架。
正是如此，当科学的力量变得不可阻挡时，宗教裁判所成了众矢之的，教廷只能弃车保帅，一度废弃宗教裁判所。直到黑暗势力再次猖獗，需要一个强力机构限制黑暗种族的发展，也就是黑暗狮族后裔的数量时，宗教裁判所才被秘密启用。现在的赏金猎人，实际上就直接归宗教裁判所指挥，是宗教裁判所的编外部队。
表面上，圣殿骑士团，宗教裁判所都是教廷的工具，狭义上的“教廷”，指的是费德罗拉那样的神职人员。
可现实中，没有任何人愿意成为别人的工具。
教皇仅仅是上帝在凡界的代表，不是上帝本人，圣殿骑士团宣誓效忠的是上帝，不是教皇，自然不甘心听从教皇的指挥。虽然宗教裁判所是教皇的走狗，但是在主导教廷，以及打击黑暗种族的问题
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